1949年5月，莫成德回国，向艾奇逊和国家安全委员会提出：由孙立人主持台湾政局，以此作为向台湾提供经济援助的条件。

当时，美国国务院主管远东事务的助理国务卿腊斯克与艾奇逊一样，对蒋介石政权的腐败堕落、丧失民心深恶痛绝，一直积极推动倒蒋运动。1949年秋，他派莫瑞尔去探孙立人的底。孙立人见到莫瑞尔，大发牢骚，但始终没有正面回答他的提问。

1949年12月，美国驻台“大使馆”代办斯特朗和前美国驻台北领事克伦兹抵台。他们向孙立人明确表示：如果孙愿意控制“国民政府”，美国将予以全力支持。孙立人婉拒。

然而，美国方面并没有因为孙立人的冷淡而放弃努力。1949年底，蒋介石的心腹郑介民赴美，西太平洋美海军司令白吉尔对郑介民露骨地表示，必须任命一位新的台湾省主席，否则他们将撤出台湾。12月28日，白吉尔诘问台驻美武官：为什么“台湾防卫司令”孙立人没有“充分的权力”？白吉尔还对蒋介石的密使说：必须兑现授予孙立人全权的诺言。

在美国国内各界紧锣密鼓地倒蒋的同时，美太平洋盟军最高司令麦克阿瑟也不甘寂寞。1950年1月，他派其情报处长韦龙比访台，声称：如蒋不愿离台，则不应干预行政，麦克阿瑟可以派人入台相助。蒋介石断然拒绝韦龙比的提议。

2月21日，麦克阿瑟竟然不与蒋介石打招呼，直接派专机去台湾接孙立人。孙为了表示“清白”，请求陈诚核准。孙立人到东京会晤麦克阿瑟，麦希望他负起“保卫台湾”的责任，并表示将尽力提供军援。孙立人返台后，向陈诚转告了他在东京的情形。孙立人自以为这样“透明”，可免遭蒋、陈的疑心。实际上，不去东京才是最好的选择。

在麦克阿瑟以军人的莽撞向蒋介石示威的时候，美国务院和中央情报局已分别拟定了《台湾政变草案》和《台湾可能的发展》。《草案》建议以孙立人为指挥官，以“反共、保台、联美”为主旨，对蒋实行软禁或放逐。《发展》则说：最近几个月，各种报道均暗示，受过美国教育、现负责台湾防务的孙立人，正计划发动政变，俾使蒋介石成为有名无实的领袖，同时铲除其亲信。

在美方日趋明白地将政变计划付诸实施的感染下，孙立人也开始改变其暧昧的立场。1950年3月，美巡回大使吉塞普向艾奇逊报告说：“孙立人将军陷于困境，他向我抱怨无权指挥海空军，亦无人在‘宫中’帮他说话。”随后腊斯克于5月30日向艾奇逊提出长篇报告。报告中建议：应告知蒋介石，要他离开台湾，将权力交给孙立人，然后，由联合国决定台湾前途，台湾获托管后，即可宣布撤消杜鲁门1月5日决定不协防台湾的声明。这也表明美国国务院倒蒋态度日趋坚定明朗。

6月19日，美国国务院制定出一份在台实施政变的机密计划。这份计划规定：（一）美国如要达成防卫台湾的目的，蒋介石及其党羽必须离开台湾，将一切权力交给由美国确定的中国人领袖；（二）上述步骤完成后，美海军驻防台湾海域，以防止中共攻台或台湾“反攻”大陆；（三）如蒋抵制这一计划，美国应派出密使“以最严密的方式”通知孙立人，如果他愿意发动政变，则美国提供必要的军援。

档案显示，实施此次计划的密使为美第七舰队司令柯克。他被蒋介石称为“我中国最良之友人”。1949年到1950年初，他为台湾在杜鲁门政府的禁令下购置大批武器立下了汗马功劳。

柯克尚未去台湾，形势就发生了戏剧性的变化：孙立人主动将一封密函送交柯克。孙立人在信中提出愿意领导兵变以除蒋，但要求得到美国支持，至少是默许；他表示，一旦掌权，将制止腐败，并在对付共产党方面，更具弹性（即不强求反攻大陆）。

杜鲁门当时虽未立即作出决定，但鉴于其一贯的反蒋态度，国务院并未觉得会有什么出乎意料的决定，所以，艾奇逊等开始紧张地部署政变前的准备工作。1950年6月23日，腊斯克与胡适在纽约布拉萨大酒店会晤，并正式要求胡出面领导反共亲美的自由派内阁以取代蒋，胡表示毫无兴趣，还指责美国在盟友遭难的时候落井下石，不过，他认为蒋不宜再做“总统”。