洪秀全、杨秀清占据南京以后,便以为可以立国,把享受和特权放在首要地位。洪秀全改两江总督府为天王府,尽其奢华营造天王府。天王府城周围十余里,墙高数丈,内外两重,外曰太阳城,内曰金龙城,殿曰金龙殿,苑曰后林苑,雕琢精巧。东王府也是穷极工巧,骋心悦目。在革命尚未成功之时,太平天国的领袖们就大造王府,广选后妃,洪秀全的后妃竟达88人之多。洪秀全、杨秀清住进王宫,作为农民领袖本是司空见惯的通病。问题是天王府不是当作指挥革命战争的中心,而是行使特权的神圣无比的宫殿。朝天门外大书曰:"大小众臣工,到此止行,有诏方准进,否则雪中云。"而在木牌楼上则书有"天子万年"、"太平一统".一个"止行"诏,洪秀全就把自己和众位大臣隔开了。当年同生死共患难的杨秀清、韦昌辉、石达开等都不能随意出入天王府。昔日的兄弟今日的丞相们,临朝时,也只好站在朝门外列队,对洪秀全不能仰视,否则就有杀身之祸。洪秀全俨然已成为"一人垂拱于上,万民咸归于下"的封建皇帝。
杨秀清是个具有雄才大略的农民起义领袖,不论是指挥战争,还是组织政府,他都有许多建树,为太平天国立下了不朽功勋。但是建都南京后,杨秀清的封建特权恶性膨胀。一到南京,他就建起了高大的王府,三年多的时间,从不出南京城一步,但在城里则为统治一切的全权主宰。所有军国大事仅与东殿尚书侯谦芳、李寿春等一二人计议,严重脱离群众,加之作风极度张扬,每次出门都盛陈仪仗,不知自忌,甚至用代"天父下凡"来惩罚洪秀全,最后更是发展到"逼封万岁".为了显示特权,杨秀清还设立各种酷刑,如鞭打、枷杖、斩首、五马分尸等,连韦昌辉、秦日纲、黄玉昆等一些高级将领都被他杖责过。杨秀清的骄横,造成他和诸多朝臣的积怨,也导致洪秀全的不满,终于酿成了一场灾难--天京事变:杨秀清及其家属、部下和太平军精兵两万多人被韦昌辉滥杀。天京事变后石达开回到天京,受到天京军民的热烈欢迎,满朝同举石达开提理政务。可洪秀全却对石达开大生疑忌,重用自己的兄弟安福二王,以牵制"翼王",并有"阴图戕害之意".在这种情况下,石达开率20万精兵远离天京。经过天京事变、石达开出走,太平天国处于十分困难的境地。虽经陈玉成、李秀成等后期太平天国名将的努力,军事上稍有起色,但终究缺乏回天之力,最后一步一步走向失败。
当然,太平天国失败原因还有很多,比如清政府和外国侵略者互相勾结起来,残酷镇压太平天国等。需要明确的是,太平天国革命虽然失败了,但并不能因此否定它对近代中国所发挥的积极作用。在近代中国,它最早实践了中国人民反帝反封建的历史使命,是中国近代革命史的重要组成部分,它与义和团、辛亥革命等构成了近代中国人民反帝反封建的几个高潮。另外,它主张对外开放、发展本国商业和对外贸易等,这在一定程度上突破了旧式农民战争的局限,客观上对中国近代化进程起了推动作用。