如同之前所介绍的“北京”, “南京”这个名词，起初也不是一个与所在地区紧密相关的专用地名，而是一个根据历代王朝需要设置到不同地区的充满行政色彩的“行政地名”,往往与“南都”同义，都是指“南方的京城或都城”之一。今天的南京市之所以被叫做“南京”,便是“多都制”这一历史现象最终影响到城市命名的表现。有趣的是，如今的北京城也曾有过“南京”的名号；那么，历史上究竟有过哪些“南京”城呢？
“南京”的称号首次出现在东汉时期
与“北京”的情况类似，在东汉以前，“南京”与“南都”的行政称号并没有出现在历史长河之中。虽然西周曾经设置了宗周与成周、新莽则开始了东西都设置，但东汉以前始终没有设置一个与东、西京并列的南京、北京。这是由于周秦西汉时期中国主要还是以长安--洛阳为轴心，整个北方分作关西与关东两部分所致，只需要西京、东京来分别镇抚关西、关东即可。
东汉延续了王莽新朝的政策，继续以长安为西京、以洛阳（当时改写为雒阳）为东京，另外，由于刘秀一支宗族在西汉中后期便定居南阳，南阳也便被视为东汉帝乡，为了优待在南阳地区的官民，东汉便以帝乡南阳为“南都”,也被称作“南京”,因此，东汉时期的南阳便是中国历史上的第一座“南京”城，比曹魏建国后的第一座“北京”城出现得早。
曹魏建国后实行“五都制”,以洛阳为中都，以邺、谯、许昌、长安为陪都，许昌在洛阳的南方，所以便成了“南京”.许昌本来只是兖州颍川郡辖下的“许县”,因为曹操把汉献帝安置到了这里，所以改名为“许都”,曹丕代汉以后方才改名为许昌。由于许昌是曹操当年控制汉献帝的城邑，不仅在名义上是汉帝国的最后一个都城，而且在实力上也拥有一定规模的驻防武装，所以曹丕便在建立曹魏王朝后，以许昌为曹魏南京，与霸都邺城、帝乡谯郡、西京长安、首都洛阳并列。
西晋灭亡后，趁乱而起的前后两赵，经过一番东西对峙，最终由后赵统一北方。统一北方的后赵，以襄国（河北邢台）为首都，并先后在长安设置了西京，在洛阳设置了南都，一方面是为了宣示自身继承汉魏晋统绪的正当性，一方面也是为了强化长安、洛阳的政治地位，以便镇抚关中、河洛两地。
后赵政权灭亡后，北方地区被前秦所统一，其后有两个割据政权设置了“南京”（南都），分别是盘踞河套平原与鄂尔多斯高原的胡夏政权与盘踞雁北地区的代政权。
胡夏是赫连勃勃建立的政权，起初以统万城（陕西省横山县白城子村）为都，后来赫连勃勃趁着刘裕北伐军主力回撤南方及留守部队内讧的机会，夺取了关中地区（公元418年），而后赫连勃勃为了保持对关中地区的统治，便以长安为“南京”（“南台”），以统万城为“北京”.
代国是拓跋猗卢在桑干河平原与敕勒川建立的政权，代国政权从公元313年开始，以盛乐城（内蒙古和林格尔县）为北都，以平城（山西省大同市）为南都，实行了小半个世纪的“两都制”.
此后的数个政权均偏安一隅，没有条件实行“多都制”,“南京”之名也就消失了很长一段时间。
辽朝幽州府：北京也曾叫做“南京”
到了再度实现长期大一统的唐朝，唐肃宗为了预防安史之乱可能造成的唐室偏安，先后短暂地在长江流域设置了两个“南京”（时称南都），从而在长安、洛阳再度落入河北藩镇之手后，有个南京作为战时首都，保得一时平安。公元757年十二月，唐肃宗将蜀郡升格为南都成都府（即南京），至公元760年五月便罢除了成都的“南京”称号。公元760年九月，唐肃宗又将荆州升格为南都江陵府，几个月后便取消这个新“南京”.
所以，唐朝的“南京”一共加起来只存在了三年，分别由成都担当了两年半，由江陵（湖北省荆州市）担当了几个月。另外，在五代十国之中，有一个以唐朝自居的政权，也设置了南都（南京），它就是南唐所设置的南都南昌府（958年至975年），作为南唐首都江宁府的陪都存在，用来控制南唐在赣江流域的领土，所以南昌也成了一座曾经的“南京”城。
唐代以后，辽、北宋、金三个政权先后实行了比曹魏与唐代更加稳定的“四京制”或“五京制”.
辽朝设置了上京临潢府、西京大同府、东京辽阳府、南京幽州府、中京大定府，其中辽朝南京幽州府便位于今天的北京市。辽朝以幽州为南京，是因为幽州是辽朝所接收幽云十六州的东部重镇，也是辽朝整体版图的中南部首府，更是辽朝攻防北宋的东路要道，所以必须用一个“京”的“行政编制”来镇守，这就把“南京”的行政级别给了幽州，使得如今的北京市成为历史上唯一一个既当过“南京”、又当过“北京”的城市。
如此看来，北京在得名“北京”以前，还是以“南京”的身份更早成为历史上的都城的。在当“南京”以前，今天的北京市一直在历史上被称为“蓟城”或“幽州”.由于“蓟”是燕国首都的名称，所以“蓟”、“燕”、“幽”才是在历史长河的主要时期中，与如今的北京地区联系更为紧密、绑定更为久远的曾用名。
此后，北宋设置了东京开封府、南京应天府、北京大名府、西京河南府，其中，南京应天府指的是今天的河南省商丘市。北宋之所以以商丘（当时叫做宋城县）为南京，是因为这里是宋太祖赵匡胤曾经担任过的归德军节度使驻地，是大宋国号的来源地，自然需要设置一个“京”的规制以示尊隆。
金灭辽以后，继承了辽代五京制，在其统治初期分别设置了上京会宁府、北京临潢府、南京辽阳府、中京大定府、西京大同府，大体上与辽五京相同，但却以辽东京辽阳府为金初南京，这是因为金初首都上京会宁府在黑龙江的阿城地区，位于今日辽宁省辽阳市的辽阳府正好处于上京会宁府的南方，金朝因此便把辽东京改为了自己的南京。
金海陵王完颜亮在公元1153年迁都燕京，把金朝的统治中心迁移到关内来，金朝五京也便相应发生了变化。金中后期五京分别变成了：中都大兴府、东京辽阳府、北京大定府、南京开封府、西京大同府。金朝中后期南京开封府便在今日的河南省开封市，金朝南京由辽阳府转移到开封府，体现了金朝统治中心的南移。并且南京开封府还在金朝末年，在蒙古汗国攻陷金中都大兴府（今北京）后，做了一次金朝的首都。
明朝以来“南京”成为地区的专用地名
元朝并没有设置以方位为前缀的陪都，元代灭亡以后，朱元璋沿用北宋南京应天府的叫法，改集庆府（南京在元朝的名称）为应天府。朱棣靖难之役成功后，于公元1421年正式迁都北京，这才正式称呼应天府为南京应天府，从此，“南京”二字方才正式落户南京地区。
在整个清朝，南京地区在清朝官方是被称为江宁府的。直到辛亥革命胜利后，方才把江宁改回南京，从此沿用至今。
概而言之，在中国历史上，“南京”之名先后被安置在13个地方：
东汉的南阳：河南省·南阳市
曹魏的许昌：河南省·许昌市
后赵的洛阳：河南省·洛阳市
胡夏的长安：陕西省·西安市
代国的平城：山西省·大同市
唐朝的成都：四川省·成都市
唐朝的江陵：湖北省·荆州市
南唐的南昌：江西省·南昌市
北宋的应天：河南省·商丘市
辽朝的幽州：北京市
金朝的辽阳：辽宁省·辽阳市
金朝的开封：河南省·开封市
明朝的应天：江苏省·南京市
