卓尼县历史源远流长。从洮河沿岸的诸多古文化遗址表明，距今三、四千年前，境内已经有大量的古人类居住生息。从县境最西端的扎古录镇起，到最东北端的藏巴哇乡止，在全长174公里的洮河南北两岸，分布着诸多齐家文化、辛甸文化以及马家窑文化遗址。从大量出土的新旧石器时的陶器和石器证明，黄河流域的一大支系---洮河流域自然也是古人类的发祥地之一。 自秦、汉时县境属临洮县地，归陇西郡所辖；三国时县初属魏雍州地，仍设陇西洮阳县，旋改为秦州陇右郡临洮县。以后西晋、东晋、十六国、前秦、南北朝、北周、隋唐至明洪武年间，历代建置废置变更频繁。

　　明永乐十六年（公元1418年），朝廷受卓尼吐蕃后裔头人些地为土官指挥佥事，管理部分番族部落，实行土司制。清乾隆改卫为厅，土司仍沿明制。民国2年（1913年），甘肃省政府作出了取缔土司制度的决定，卓尼辖地归临潭县统领，但民国政府改土归流的政策未动摇土司的统治地位。民国26年（1937年），"博峪事件"爆发，卓尼设治局成立。民国33年（1944年），洮岷路保安司令部接受整编，第一个非土司制的国家行政建置始在卓尼立足，与兼理军政之洮岷路保安司令部并驾齐驱，隶属于甘肃省第一行政督察区，专员公署设在岷县。

　　1949年9月11日，国民党洮岷保安司令杨复兴率卓尼党政军警起义，实现了和平解放。于9月14日成立军事管制委员会，接管卓尼设治局、国民党卓尼党部、三青团区队部和参议会等机构。1950年10月1日中国共产党卓尼自治区工作委员会和卓尼自治局行政委员会成立，隶属于甘肃省岷县专区。同时，杨复兴宣布在卓尼废除土司制度。1953年10月1日成立卓尼县，隶属甘肃省甘南藏族自治州至今。

　　历史悠久的安多古刹禅定寺，凝重厚实原明代边城，淳香浓郁的藏民族风情，景致独特的"三峡"（康多峡、云江峡、九旬峡）风光，各具特色的洮洲八景以及集鸟语花香、流水潺潺及壮美绝伦之大成的麻路、郭牙川、大峪沟旅游风景区，在境内构成了一条融人文景观和自然景观为一体的亮丽风景线。久负盛名的洮砚，作为馈赠香港特别行政区政府的回归礼品，更是蜚声国内外，名闻遐迩，相继开发的各类洮砚，又为其注入了更加丰富的艺术生命力。